この記事では、M&Aにおける「株式譲渡」で発生する税金の仕組みから、最新の税制改正（ミニマムタックス）、そして手取り額を最大化するための実務的な「退職金活用スキーム」まで、経営者が知っておくべき情報を網羅的に解説します。
読了後には、ご自身のケースでいくら税金がかかるのか、どうすれば最適に残せるのかが明確にイメージできるようになります。
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1. 株式譲渡の税金とは？原則20.315%の分離課税
M&Aで会社を売却する際、最も多く利用される手法が「株式譲渡」です。
経営者が保有する株式を譲受企業企業に譲り渡し、その対価として現金を手にします。
この時、利益（譲渡益）に対して税金がかかりますが、株式譲渡は他の所得（役員報酬や事業所得）とは切り離して計算される「申告分離課税」という仕組みが採用されています。
これは、長年の経営努力の結晶である株式の売却益に対し、給与のように高い累進税率をかけるのは酷であるという配慮や、投資促進の観点から設定されているものです。
そのため、M&Aにおいては「事業譲渡」よりも「株式譲渡」の方が、譲渡企業個人の手取り額が多くなる傾向にあります。
個人が株式譲渡する場合の税率内訳（所得税・住民税）
個人（経営者）が株式を譲渡した場合の税率は、譲渡益の額にかかわらず一律20.315%です。
内訳は以下の通りです。
所得税: 15%
住民税: 5%
復興特別所得税: 0.315%（所得税額の2.1%）
例えば、1億円の利益が出ても、10億円の利益が出ても、税率は原則として変わりません。
給与所得などの総合課税が最大約55%（住民税含む）であることを考えると、非常に有利な税制とい えます。
法人が株式譲渡する場合の実効税率（約30〜34%）
株式を保有しているのが個人ではなく「法人」（資産管理会社や親会社）である場合は、計算方法が異なります。
法人の場合、株式譲渡益は「分離課税」ではなく、他の事業収益と合算され、法人税の課税対象となります。
この場合の実効税率は、会社規模や所得額、地域によって異なりますが、概ね約30%〜34%程度となります。
個人の20.315%と比較すると税負担は重くなるため、M&Aを検討する際は「誰が株主か」によって手取りシミュレーションが大きく変わる点に注意が必要です。
2025年開始「ミニマムタックス」の影響（富裕層は最大27.5%）
ここで一つ、重要な法改正についてお伝えしなければなりません。
2025年度の税制改正より、超富裕層を対象とした「ミニマムタックス（最低税額制度）」が導入されました。
これは、所得が極めて高い層（約10億円 を超える場合）に対し、通常の申告分離課税（15.315%＋住民税5%）よりも高い税負担を求めるものです。
具体的には、基準所得金額から3.3億円を引いた金額に対し、22.972%の所得税率が適用されます（住民税5%と合わせると27.972 9%）。
影響: 通常の所得税額よりも「ミニマムタックス計算後の税額」が多い場合、その差額を追加納税する。
数億円〜数十億円規模のM&Aを行う場合、この約10億円 を超える可能性もある ため、従来の「一律20.315%」という認識だけで進めると、想定外の納税が発生する可能性があります。
2. 株式譲渡税の計算方法とシミュレーション
では、具体的に税金はどのように計算されるのでしょうか。
重要なのは、「売却額全体」に税金がかかるのではなく、「利益（譲渡所得）」に税金がかかるという点です。
計算式：譲渡価額－（取得費＋譲渡費用）＝譲渡所得
税額算出のベースとなる「譲渡所得」は以下の式で求めます。
譲渡所得 ＝ 譲渡価額（売値） － （取得費 ＋ 譲渡費用）
譲渡価額: M&Aで株式を売却した総額。
取得費: 株式を取得した際にかかった費用。創業者の場合は、設立時の「資本金」や増資時の払込金などが該当します。
譲渡費用: 株式を売るために直接要した費用。M&A仲介会社への手数料（成功報酬）などがこれに含まれます。
この計算で算出された「譲渡所得」に、税率（20.315%）を掛けたものが、支払うべき税金となります。
取得費がわからない時の「概算取得費（5%ルール）」
創業から数十年が経過している老舗企業などで、当時の資料がなく「いくらで株を取得したか（資本金をいくら出したか）証明できない」というケースがあります。
また、先代から相続で引き継いだが、取得費が不明という場合もあります。
このように実額の取得費が証明できない場合は、「概算取得費」という特例を使います。
これは、「譲渡価額の5%」を取得費とみなす制度です。
（例）5億円で売却した場合：5億円 × 5% ＝ 2,500万円を取得費とすることができる。
ただし、実際の出資額が売却額の5%以上であった場合（例：資本金が多かった場合など）、この概算取得費を使うと本来よりも利益が大きく計算され、税金が高くなってしまう可能性があります。
可能な限り、過去の資料や通帳などを調査し、実額を把握することが節税の第一歩です。
【実例】5億円で売却した場合の税額シミュレーション
具体的な数字で見てみましょう。以下の条件でM&Aが成立したと仮定します。
譲渡価額: 5億円
取得費（資本金）: 1,000万円
譲渡費用（仲介手数料）: 2,000万円
① 譲渡所得の計算
5億円 － （2,500万円 ＋ 2,000万円） ＝ 4億5,500万円
② 税金の計算
4億7,000万円 × 20.315% ≒ 9,548万円
③ 手取り額（概算）
5億円（売値） － 2,000万円（手数料） － 9,548万円（税金） ＝ 約3億8,452万円
このように、約1億円近い税金が発生します。
ここから「いかに適法に税金を抑え、手取りを増やすか」が、M&A交渉における腕の見せ所となります。
3.株式譲渡の「手取り」を最大化する役員退職金スキーム
M&Aの現場で、私たち専門家がオーナー社長に必ず提案するのが、「株式譲渡代金の一部を、役員退職金として受け取る」スキームです。
これは単なる節税ではなく、譲渡企業と譲受企業双方にメリットを生み出す強力な交渉カードとなります。
役員退職金スキームについて詳しく知りたい方はこちら
「株式譲渡」単体よりも「退職金」を組み合わせるべき理由
株式譲渡益への課税は約20%ですが、退職金（退職所得）には非常に強力な税制優遇があります。
- 退職所得控除: 勤続年数に応じた控除額（例：勤続30年なら1,500万円）を差し引ける。
- 2分の1課税: 控除後の金額をさらに「半分」にしてから税率をかける。
- 分離課税: 他の所得と合算されず、退職金単独で税率が決まる。
つまり、「株式譲渡益として5,000万円受け取る」よりも、「退職金として5,000万円受け取る」方が、圧倒的に税金が安くなるケースが多いのです。
そのため、M&Aの対価全額を「株式の対価」としてもらうのではなく、「退職金＋株式対価」という形で受け取る設計を検討します。
譲受企業にとっても「買収コスト削減」になるカラクリ
「退職金を出すと、会社の現金が減るから譲受企業が嫌がるのでは？」と思われるかもしれません。しかし、実は譲受企業にとってもメリットがあります。
もし譲受企業が株式を「10億円」で買った場合、その10億円は単なる「株式の取得」であり、経費（損金）にはなりません。
しかし、M&Aのプロセスの中で対象会社から譲渡企業社長に「退職金」を支払う形をとれば、対象会社は退職金を「損金（経費）」として計上できます。
これにより、対象会社の法人税を大幅に圧縮できる効果が生まれます。
「退職金支給によって純資産（株価）が下がった分、株式の譲渡価格を安くする」という調整を行えば、譲受企業は少ないキャッシュアウトで会社を買収でき、かつ買収後の会社の節税も図れるため、Win-Winの交渉が成立しやすいのです。
税務署はここを見る！「過大役員退職金」の否認リスク
ただし、退職金は「高ければ高いほどいい」わけではありません。
税務調査において「不相当に高額な退職金」と判断されると、過大分が損金として認められない（否認される）リスクがあります。
実務上は、「功績倍率法」（最終報酬月額 × 勤続年数 × 功績倍率）を用いて適正額を算出します。
例えば、最終報酬月額 100万円、勤続30年、功績倍率3.0倍（社長の一般的目安）の場合、
100万円 × 30年 × 3.0 ＝ 9,000万円
あたりが適正ラインの目安となります。
M&Aの直前に役員報酬を急激に引き上げて退職金を吊り上げるような行為は、租税回避行為として否認される可能性が高いため、専門家による慎重な設計が不可欠です。
4. 注意すべき「みなし配当」と税務リスク
通常の第三者へのM&Aではあまり発生しませんが、スキームによっては「株式譲渡」と認められず、「配当」を受け取ったとみなされる「みなし配当」という落とし穴があります。
みなし配当についてより詳しく知りたい方はこちら
そもそも「みなし配当」とは？総合課税（最大55%）の罠
税務上、会社から株主への金銭の支払いが「実質的に利益の分配（配当）と同じ」と判断されると、それは株式譲渡益（約20%）ではなく、配当所得として扱われます。
配当所得は原則「総合課税」となるため、所得の高い経営者の場合、最高税率である約55%（所得税＋住民税）が課税されてしまいます。
20%だと思っていた税金が55%になれば、手取りは激減します。
自社株買い（金庫株）を活用する際の落とし穴
M&Aの準備段階でよくあるのが、「分散している株式を整理するために、会社が株主から自社株を買い取る」というケースです。
これを自己株式の取得（金庫株）といいます。
この時、会社が株主に支払う対価のうち、「資本金等の額」に相当する額 を超える部分は、利益の分配（＝配当）とみなされます。
M&Aの前段階で株主整理を行う際は、会社が買い取るのではなく、「経営者個人が買い取る」形にするなど、みなし配当を回避する設計が必要です。
【専門家の警告】退職後の「経営関与」は絶対に避けるべき理由
前述の「役員退職金」スキームを使った場合、最も恐ろしいのは「実質的に退職していない」と認定されることです。
退職金を受け取ったにもかかわらず、
- M&A後も毎日のように出社している
- 重要な経営会議に出席し、意思決定に関与している
- 人事採用の面接を行っている
- 取引先や銀行との交渉を行っている
といった実態があると、税務調査で「実質的に退職したとはいえず 、支払われた金銭は退職金ではなく賞与（役員賞与）である」と認定されます。
役員賞与は原則損金にならず、法人税の追徴課税に加え、個人側でも給与所得として再計算されるという、往復ビンタのようなペナルティを受けることになります。
M&Aで退職金を受け取るなら、経営からは「完全に身を引く」覚悟が必要です。
5. 株式譲渡損失が出た場合の対処法
万が一、取得費よりも安い価格でしか売れず、損失（赤字）が出てしまった場合、税金はどうなるのでしょうか。
上場株式と非上場株式の「損益通算」は原則不可
「証券会社の口座で株の利益が出ているから、M&Aの売却損と相殺して税金を減らしたい」と考える方もいるでしょう。
しかし、2016年の税制改正により、「上場株式等」と「一般株式等（非上場株式）」の損益通算はできなくなりました。
M&Aで売却する自社株のほとんどは「非上場株式」ですので、上場株の利益と相殺することはできません。
損失の繰越控除が使える条件とは
上場株式の場合、損失を3年間繰り越して翌年以降の利益と相殺できる「繰越控除」という制度があります。
しかし、非上場株式にはこの繰越控除制度も適用されません（※ごく一部の特定中小会社を除く）。
非上場株式の譲渡損失は、原則として「その年にある他の非上場株式の譲渡益」としか相殺できず、使い勝手が悪いのが現状です。
6. 株式譲渡の確定申告と納税スケジュール
M&Aが成立し、現金が入金されたとしても、それで終わりではありません。
翌年の確定申告と納税資金の確保を忘れないようにしましょう。
株式譲渡を行った翌年の2月16日〜3月15日に申告
株式譲渡を行った年の翌年2月16日から3月15日の間に、所轄の税務署へ確定申告を行う必要があります。
上場株式の「特定口座（源泉徴収あり）」とは異なり、M&A（非上場株式）の場合は自動的に税金が引かれるわけではありません。
必ず自分で申告する必要があります。
住民税の納付（普通徴収）のタイミング
所得税は確定申告のタイミング（3月15日まで）に納付しますが、住民税（5%）は納付時期がずれます。
通常、株式譲渡の翌年5月〜6月頃に市区町村から納付書が届き、一括または4期分割で納付します（普通徴収の場合）。
「M&Aの入金でお金があるから」と使い込んでしまい、忘れた頃にやってくる住民税の支払いに困るケースは意外と多いため、納税資金は確実にプールしておいてください。
7. 【まとめ】株式譲渡の税金対策はM&Aのプロへ相談を
株式譲渡にかかる税金は、基本的には約20%ですが、「退職金の活用」や「ミニマムタックスへの対応」、「みなし配当の回避」など、専門的な知識の有無で最終的な手取り額に数千万円、数億円の差がつくことも珍しくありません。
しかし、これらの判断には高度な税務知識と、M&A実務の経験が必要です。
顧問税理士がM&Aに不慣れな場合、適切なアドバイスが得られないこともあります。
「自分の会社を売った場合、税金はいくらになるのか？」
「退職金を活用したら、手取りはどれくらい増えるのか？」
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株式譲渡の税金についてよくあるご質問
Q. 株式譲渡の税金はいつ払うのですか？
A. 譲渡した翌年の2月16日〜3月15日の確定申告期間に所得税を納付し、住民税はその後5月〜6月頃に納付します。
Q. 株式を売ったお金に消費税はかかりますか？
A. かかりません。株式譲渡は消費税の課税対象外（不課税取引）ですので、売却代金に消費税が上乗せされることはありません。
Q. 借金がある会社の株式を売った場合、税金はどうなりますか？
A. 売却益（譲渡所得）が出ない限り税金はかかりません。譲渡価額が取得費を下回る（損失が出る）場合、課税はされません。
Q. M&Aの仲介手数料は経費になりますか？
A. なります。M&A仲介会社への成功報酬などは「譲渡費用」として、売却益から差し引くことができ、その分税金を抑えられます。
Q. 家族に安く株を譲る場合でも税金はかかりますか？
A. かかります。著しく低い価格で譲ると「みなし贈与」と判定され、譲受企業（家族）に贈与税がかかるリスクがあります。